Misioni i Byrosë Kombëtare të Hetimit është mbrojtja e interesit të shtetit dhe qytetarëve shqiptar, duke garantuar zbatimin e ligjit në kryerjen e hetimeve cilësore në fushën e veprave penale kundër korrupsionit dhe krimit të organizuar, nën udhëheqjen e Prokurorëve të Prokurorisë së Posaçme, me qëllim parandalimin, zbulimin, goditjen e korrupsionit dhe krimit të organizuar.

Përmbushja me sukses e këtij misioni në çdo rast dhe për cilindo subjekt që shkel ligjin, të pavarur, nga çdo ndikim i pa ligjshëm, i brendshëm apo i jashtëm.